En la mayoría de los casos, nada va mal.
No se trata de forzar la detención o deshabilitar las aplicaciones preinstaladas, sino de qué aplicaciones preinstaladas se fuerza la detención o la deshabilitación.
Si se deshabilitan o se fuerza la detención de aplicaciones que no son críticas para la funcionalidad básica del teléfono, entonces no se encontrarán problemas. Estas funcionalidades básicas incluyen la comunicación por voz, la mensajería, las alarmas y los navegadores, entre otras. Puedes desactivar aplicaciones preinstaladas como Facebook, Google Play TV, Google Play Books, Google Play Music o cualquier otra que no sea crucial para la funcionalidad del teléfono sin tener que preocuparte de tener problemas.
Pero ten cuidado con desactivar ciertas aplicaciones del sistema. Por ejemplo, desactivar los juegos de Google Play te causará problemas si juegas mucho y estás conectado a tus juegos con tu cuenta de Google. Lo más probable es que el juego se cuelgue o te pida que instales Google Play Games, porque no puede detectarlo en su estado deshabilitado.
Lo mismo puede decirse de algunas otras apps del sistema, como Alarmas, Mensajería, si decides deshabilitarlas o forzar su detención. Los usuarios hacen esto cuando quieren reemplazar una aplicación del sistema por una de la Play Store. Pero normalmente no se recomienda deshabilitar las aplicaciones principales del sistema como Mensajería, Alarmas; simplemente instala las aplicaciones que quieres usar en su lugar y establece esas aplicaciones como predeterminadas para sus propósitos correspondientes. No hay ninguna necesidad de desactivar o forzar la detención de dichas aplicaciones.
Espero que esto ayude.