Aparte del hecho de que ambos tienen GUI, casi todo es diferente. A nivel puramente técnico, casi no hay similitudes.
Los kernels son diferentes. Incluso son de distinto tipo (darwin es un micronúcleo mientras que el de windows es un núcleo híbrido).
MacOS es parecido a UNIX y cumple en su mayoría con POSIX. Windows no se parece en nada …