No hay ninguna diferencia. regedt32 ha sido un stub que ejecuta regedit desde 2001.
En versiones anteriores de NT, como la 3.x, existía el "registro" OLE/DDE que usaba Windows 3.x de 16 bits y había un registro más profundo con ACLs que NT usaba de forma nativa. Se usaba regedit en la base de datos de Win3x y regedt32 en …