Por qué hace que macOS High Sierra con APFS mi MacBook Pro (2012 con HDD) funcione notablemente más rápido?

Tal vez nada.

Con frecuencia la gente piensa que algo es más rápido cuando lo cambian.

Incluso con más frecuencia la gente piensa que todo es más rápido sólo porque arranca más rápido (o se despierta del sueño más rápido).

Entonces de nuevo, tal vez algo.

Podría ser tan trivial como "el correo estaba mal roto, y ahora está menos …