En El Capitán, si añado mis fotos a Eventos de iPhoto, ¿mi ordenador está almacenando las fotos/vídeos dos veces?

No. Los "Eventos de iPhoto" no son más que una copia de lo que se importó de su biblioteca de iPhoto cuando se convirtió a la nueva aplicación Fotos de OS X. Esto se hizo para preservar cómo estaban organizadas tus fotos originalmente en iPhoto, pero realmente no tiene ningún vínculo con iPhoto ni tiene ninguna relación con cómo están …