Primero, borro la mayoría de ellas, porque la mayoría duplican otras fotos, están borrosas o no son interesantes, o no se volverán a mirar nunca. esas sólo hacen que las buenas sean más difíciles de encontrar.
Entonces, cambio el nombre a algo que se pueda buscar, como el nombre de las personas en la toma o el lugar. Suelo dejar la mayor parte del resto para que haya un nombre único.
Tengo una carpeta en mi directorio personal que se llama Fotos (esto es en KDE Neon Linux). Ahí dentro tengo carpetas por años. En cada carpeta de año tengo carpetas de 12 meses; empiezan con un número, luego el nombre del mes (1-Enero, etc). Esto facilita la clasificación.
Las fotos que hago las pongo en el mes que las hago. Así, volver a encontrar una es cuestión de acotar en qué mes la tomé (dentro de un rango, normalmente) o buscar un nombre. Si tomo un montón de fotos de un tema las pongo en una carpeta separada, así que todas mis fotos de Guatemala del pasado mes de enero están en /home/Fotos/2020/1-Enero/Guatemala.
Hago copias de seguridad en un disco duro portátil de vez en cuando, y alterno las copias de seguridad en 2 discos duros diferentes. Si no lo haces, lo mejor es que las borres todas ahora y te ahorres el disgusto cuando se te estropee el disco.