No se puede' mover o minimizar la ventana que soporta una llamada, es' una especie de notificación estática.
Hay más gente a la que le molesta esto, vea estos hilos del foro de Apple:
* La ventana de audio de Facetime no se puede mover
* La ventana de llamada activa de Facetime no se puede...
Puedes desactivar la notificación a través de Preferencias del Sistema > Notificaciones > Facetime desmarcando "Icono de la aplicación de insignia".
Yo sí agradezco la notificación para responder a la llamada. A pesar de que mi MacBook tiene una barra táctil que también me permite responder/finalizar, vídeo o silenciar. También hay que tener en cuenta que la barra táctil no tiene el botón que necesitas cuando tienes que marcar durante una llamada ("Seleccionar 1 para el departamento A, Seleccionar 2 para el departamento B"). Por lo tanto, necesitarás la ventana emergente.
Puedes matar la ventana emergente como se documenta en Cómo ocultar el audio de FaceTime en macOS High Sierra versión 10.13.
(alguien incluso compartió un script para el comando de matar usando un Applet de Automator)
No te olvides de proporcionar la opinión de Apple sobre esto. Aunque hayan pasado unos años, esperemos que encuentren una solución mejor que la notificación actual.