En primer lugar, ¡felicidades por darte cuenta de que ser programador es más que saber «cómo escribir código»! Con tu mentalidad actual, lo harás muy bien una vez que empieces a trabajar.
La mayoría de los estudiantes que se gradúan en las escuelas de Estados Unidos tampoco saben cómo construir sistemas completos desde cero. Se necesita práctica y años de trabajo para entender cómo hacerlo, y cómo hacerlo bien. El simple hecho de entender que necesitas aprender a construir sistemas de software robustos te ayudará al comenzar tu carrera porque estarás abierto a recibir la opinión de otros programadores.
La mejor manera de aprender es trabajar con un equipo de software experimentado. Si quieres construir proyectos completos desde cero, intenta conseguir un trabajo en una consultoría de desarrollo de software/web. Construirás nuevos proyectos desde cero varias veces al año y tendrás programadores experimentados trabajando contigo. Ellos podrán darte consejos y comentarios sobre tu software.
La siguiente mejor opción es conseguir un trabajo de desarrollo de software en una empresa que no sea una consultora. Todavía tendrás la oportunidad de construir software en algún momento y trabajar con desarrolladores experimentados te ayudará a solidificar lo que aprendiste en la escuela.
Si no puedes conseguir un trabajo con un equipo de software, entonces comienza construyendo aplicaciones simples y hazlas más complicadas con el tiempo. Construye una simple aplicación de hola mundo. Luego construye una aplicación de calculadora con entradas de línea de comandos. Luego construye una calculadora con interfaz de usuario. Hazla más y más complicada poco a poco. Después de unos meses, tendrás una aplicación robusta que has construido desde cero.