Como no has especificado qué parte de la franquicia Pokemon, voy a investigar un poco sobre el anime y el juego.
Juego:
Los juegos de Pokemon probablemente se codificaron en ensamblador o binario. Dado que el cartucho de Game Boy fue diseñado para ser bastante simple y de baja potencia, los programadores probablemente utilizaron un software de desarrollo simple para escribir el código ensamblador para la lógica y los controles del juego. Aquí hay otra respuesta en Quora que puede ser útil: ¿Cómo se desarrolló la primera generación de juegos Pokemon?
A medida que pasaban los años, los estudios de desarrollo cambiaban dependiendo de la plataforma. Muchos juegos utilizaban lenguajes como C++, junto con ricos IDEs similares a Visual Studios. Creo que algunas herramientas de desarrollo son internas, específicamente para los estudios de juegos.
Anime:
El anime clásico fue animado por OLM / OLM Digital. No hay mucha información directa sobre cómo se hizo y qué software utilizaron, pero la investigación me ha llevado a creer que fue dibujado a mano en cels (celuloides, hojas transparentes para animaciones tradicionales dibujadas a mano). Probablemente se utilizó un software de animación para juntar todos los fotogramas escaneados en episodios. Aquí hay un artículo que proporciona algunos ejemplos de cómo se dibujaba Pokemon (no proporciona cómo se organizaban los fotogramas en un episodio): How the Anime Is/Was Made (production cels and sketches!)
Las producciones de anime más recientes probablemente utilizaron software de animación moderno similar a Toon Boom Studios y Autodesk Maya. A menudo veo animación 3D mezclada con animación 2D en los nuevos episodios de Pokemon, por lo que los estudios probablemente mezclaron técnicas de dibujo a mano con técnicas generadas por ordenador.