Dependiendo de lo que leas y cómo leas, y de cómo vayas a obtener los PDF en la aplicación, hay una gran cantidad de opciones.
El primer éxito en iOS es siempre la solución nativa, iBooks. Está preinstalada en todos los dispositivos iOS, soporta la visualización de la tabla de contenidos, puede añadir marcadores y notas. Admite desplazamiento continuo, variedad de fuentes y tema nocturno para los libros de iTunes Store, no para los que has importado.
Mi segunda opción sería el Adobe Acrobat Reader para móviles, como creadores del formato, sí saben manejar los pdf. En la versión gratuita tienen varios modos de lectura y modo nocturno. Las opciones de anotación son geniales, los marcadores y la búsqueda también están ahí. Puedes conectar algunos servicios en la nube y iCloud Drive allí.
PlayBooks de Google es agradable, tienen una buena tienda de ebooks y audiolibros. El diseño es fresco y agradable. El visor de PDF es comparativamente débil, soporte para Google Drive (por supuesto), Marcadores, modos Night&Sepia y sintonizador de visualización de texto.
GoodReader 4,99 y PDF Expert 9,99 tienen todas las opciones mencionadas anteriormente, excepto las tiendas de ebooks. La variedad de servidores en la nube que se pueden conectar es enorme, incluyendo todos los grandes empezando por Dropbox, OneDrive, GoogleDrive etc, también soportan servidores webDAV, FTP, SFTP y AFP&SMB. Las opciones de anotación son geniales, los modos de lectura son ajustables.
Sé que iAnnotate y Foxit PDF Reader solían ser buenos, pero hace mucho tiempo que no leo nada en ellos, así que supongo que vale la pena comprobarlo, si has mirado a través de los que he mencionado anteriormente y no has encontrado nada que satisfaga tus necesidades.