La segunda generación (que suele datar de 1956 a 1963) utilizaba transistores discretos. Algunos ejemplos son el IBM 7090 y 7094, el UNIVAC 1107, el PDP-1 y el 8, etc.
Sin embargo, el ordenador experimental de transistores de la Universidad de Manchester empezó a funcionar en noviembre de 1953 y se cree que fue el primer ordenador de transistores que entró en funcionamiento en todo el mundo. Sin embargo, también utilizaba un pequeño número de tubos en su generador de reloj, por lo que no fue la primera máquina totalmente transistorizada.
El ordenador de transistores de Manchester utilizaba 92 transistores de contacto puntual, que eran incluso menos fiables que las válvulas a las que sustituían, pero que consumían mucha menos energía. La media de funcionamiento sin errores de un modelo actualizado en 1955 era de sólo 1,5 horas.
En 1954, los Laboratorios Bell entregaron el TRADIC (TRAnsistor DIgital Computer o Ordenador DIgital Aéreo Transistorizado) a las Fuerzas Aéreas de Estados Unidos. También utilizaba tubos de vacío en el generador de reloj.
El primer ordenador totalmente transistorizado fue el CADET de Harwell, que funcionó por primera vez en febrero de 1955.
El IBM 7070 fue el primer ordenador transistorizado de programa almacenado de la compañía. Se introdujo en 1958 y utilizaba 30.000 transistores de aleación de germanio y 22.000 diodos de germanio.
El IBM 1401, considerado el primer ordenador de producción en serie del que se vendieron más de 10.000 unidades, también utilizaba transistores de aleación de germanio.
El IBM 083, NPN, (equiv 2N1302), utilizado en la mayoría de las tarjetas lógicas SMS.
Más información sobre los transistores de unión de aleación de germanio utilizados en estos ordenadores se puede encontrar aquí.