Sí. Este proceso implica o bien jailbreaking o, para aplicaciones simples (que no modifican el software del iPhone, sino que sólo hacen una tarea) sólo «descargar» una aplicación web. Apple no aprueba el jailbreak y hacerlo anulará tu garantía (aunque Apple no tiene forma de saberlo, así que si reinicias tu iPhone para eliminar el jailbreak y configurarlo como nuevo, o simplemente eliminas el software de jailbreak, Apple no tendrá forma de saberlo) mientras que descargar una aplicación web está bien. Una aplicación web es una aplicación que realmente se ejecuta en un sitio web, pero que está formateada de manera que en Safari, al hacer clic en «Compartir» y «Añadir a la pantalla de inicio», se «instalará» como una aplicación que simplemente requiere una conexión a Internet en todo momento. Cuando se haga clic en el icono, actuará como una aplicación, irá a pantalla completa y tendrá su propia tarjeta en el App Switcher. Ciertos programas también utilizan un método para crear un perfil de iOS (un pequeño fragmento de software que se descarga en el iPhone) que luego crea una aplicación web para ti.
Todos estos son «formas pero no maneras» de conseguir una aplicación en tu iPhone sin la App Store, pero el jailbreaking es el único método que realmente descargará e instalará una aplicación real de la forma en que lo haría tu iPhone mientras se elude a Apple.
Espero que esto ayude.