Existe un equivalente de Twitter Bootstrap para diseñar aplicaciones nativas de iOS?

No creo que sea así, ni que haya una necesidad real de ello.

Hay dos cosas principales que Bootstrap intenta solucionar:
La primera es la compatibilidad entre navegadores. Utiliza las mejores prácticas y hacks que necesita para hacer que sus elementos se vean igual independientemente del 'consumidor' (es decir, el navegador), por lo que no'tiene que preocuparse por ello. En iOS sólo hay un consumidor (es decir, el propio iOS) por lo que no hay problema de compatibilidad.

Y en segundo lugar, la web es un gran lugar abierto, sin ui ni widgets ni temas establecidos. Incluso los supuestos 'widgets estándar' difieren entre los navegadores. Si empiezas a diseñar un sitio, es difícil porque no hay un punto de partida y eres libre de ir en cualquier dirección, lo que es desalentador. No puedes empezar a arrastrar cosas sobre un lienzo en blanco para construir un diseño. Entra en escena Bootstrap, que te proporciona un montón de elementos atractivos y bien pensados que puedes unir para crear algo bonito. Pero Apple también lo tiene cubierto en Xcode. No sólo tienen un montón de widgets que puedes arrastrar, sino también una gran cantidad de convenciones que te ayudan a avanzar en el camino hacia una aplicación de aspecto decente sin mucha experiencia en el diseño. Y en ios5 puedes personalizar visualmente muchos de los widgets para que tu aplicación destaque sin dejar de ser intuitiva para los usuarios.