Esta es una de las características especiales que me encantan en MacOS, te recomiendo que aprendas a amarla en lugar de intentar cambiarla.
En Windows, alt+tab cambia entre las ventanas abiertas en todas las aplicaciones. Digamos que tienes tres aplicaciones diferentes abiertas con tres ventanas cada una. Te saldrá una lista con las nueve ventanas entre las que puedes cambiar. Eso está bien, supongo, puede ser un poco tedioso en algunas circunstancias raras, pero funciona de una manera razonable y lógica.
El Mac, por otro lado, está equipado con esta característica superpotente de cmd+tab cambiar entre aplicaciones solamente. Cómo es esto más potente que el control más fino que ofrece Windows? Porque va acompañado de alt+tab, que (si no está presente fuera de la caja, puedes configurarlo fácilmente) te permitirá cambiar entre ventanas dentro de la aplicación actual (y sólo dentro de esa aplicación). Así que tienes una separación dimensional entre ventanas y aplicaciones que ofrece una navegación acelerada si te tomas tu tiempo para aprender a manejar esa arma adecuadamente.
Si añades la característica común que encontrarás en ambos sistemas – ctrl+tab, que suele significar cambiar de pestaña dentro de una ventana (popularizada por los navegadores web modernos, y que también se encuentra en otras aplicaciones), el santo grial de la simetría lógica se revelará ante ti:
Deja que tu pulgar se pasee de izquierda a derecha por el teclado – ctrl+tab, alt+tab, cmd+tab. Obtendrás la progresión jerárquica de pestañas en una ventana, ventanas en una aplicación y, finalmente, aplicaciones. Ese tipo de belleza funcional es el sello del brillante diseño de interacción que encuentras en MacOS.
(sí, lo sé, lo sé. Esto suena no sólo como un anuncio de ventas, sino como si saliera directamente de una secta evangelista. Pero ya sabes, eso es lo que obtienes cuando invocas a un fanboy)
Por último, esto no responde exactamente a tu pregunta. Entiendo que es frustrante seguir las pequeñas diferencias de comportamiento cuando cambias entre sistemas, yo vivo con eso todos los días. Lamentablemente, no creo que sea posible hacer que cmd+tab se comporte de la misma manera que alt+tab de Windows debido a la filosofía de diseño subyacente aplicada en ambos casos. Y lo mismo ocurre en el caso contrario. Quizás haya algún tipo de software de terceros que lo haga posible, pero hasta donde yo sé no es una personalización fácil de hacer.