Leyendo otras respuestas, siento que podemos restarle importancia a cualquier rol y hacerlo ver mal. Por ejemplo, a los ingenieros de software se les puede llamar "monos de código", a pesar de que han cumplido con estándares más altos de las empresas tecnológicas.
El rol de ingeniería de aplicaciones es diferente al de ingeniería de software, en general, pero no inferior. Los Ingenieros de Software necesitan conocimientos de estructuras de datos y algoritmos mientras que los Ingenieros de Aplicaciones necesitan tener un conocimiento profundo de una aplicación empaquetada, además de ello. Además, no olvidemos que el conocimiento del dominio asociado también es importante.
Los Ingenieros de Aplicaciones no escriben capas de software o protocolos, pero ciertamente, los utilizan para ofrecer características y funciones para resolver un problema de negocio. Cualquiera que haya trabajado como Ingeniero de Aplicaciones sabrá que no es un trabajo fácil ni de poca monta entender la complejidad que implican los procesos de negocio por un lado y la idiosincrasia del software subyacente por otro, y luego casarlos para resolver un problema de negocio.
El rol de ingeniero de aplicaciones simplemente requiere un conjunto de habilidades diferentes para tener éxito. No solicite un papel de ingeniero de aplicaciones si está pensando que es un papel de ingeniería de software, se sentirá decepcionado. Solicita porque quieres utilizar el software para resolver un problema al que se enfrentan los usuarios de la empresa.
De nuevo, el papel es diferente, no inferior y seguro que también conocerás a las personas más inteligentes y dinámicas del mundo de la ingeniería de aplicaciones.
... y por cierto, si los libros por excelencia para un ingeniero de software son TAOCP de Knuth y CLRS, un libro equivalente para un ingeniero de aplicaciones sería "Factory Physics" de Wallace Hopp (para que no se tenga la impresión de que los ingenieros de aplicaciones no son muy leídos).