Llegando mucho más tarde...
Todavía no hay una gran aplicación de creación de ePub3. Sigil y Calibre son las que yo utilizo, pero realmente están preparadas para ePub2 (especialmente Sigil), y vas a tener que hacer una buena cantidad de desorden en el código para crear un libro electrónico totalmente compatible con ePub3. Y lo que harás con él, no lo sé; mientras que muchos ereaders y aplicaciones para ereaders manejan los archivos ePub3 bastante bien en este momento, sólo Apple y Kobo entre los principales minoristas aceptan los archivos de los editores independientes, e incluso ellos no utilizan el conjunto completo de características ePub3.
¿El mejor lector ePub3? Bueno, como he dicho un montón de las aplicaciones de código abierto existentes hacen un buen trabajo. ¿Pero el mejor? Readium, una extensión de código abierto para Chrome. Cuando miré por última vez, tenía el mayor soporte de ePub3 entre las soluciones de código abierto.
ETA: Sigil ahora (a partir de julio de 2016) hace un buen trabajo de edición de archivos ePub3. Incluso hay un plugin de conversión de ePub2 a ePub3. Así que ahí lo tienes!
Además, en este momento, la mayoría de los lectores de ePub actuales pueden manejar archivos ePub3. Los manejan de manera diferente (para frustración de nosotros, los editores de libros electrónicos), pero pueden manejarlos. En el último año, he pasado de ePub2 como mi formato de facto a ePub3, ya que todos los principales minoristas los aceptan. (Si tienes un viejo Nook o un Kindle de estilo antiguo, no te prometo que el ebook se vea bien. Pero se verá.)