El jugador comienza como un piloto espacial independiente en una lanzadera, para ganar un centavo en la vasta e implacable galaxia. Hay muchas formas de jugar Nova; por ejemplo, un jugador inicial que busca fondos puede convertirse en un comerciante o mensajero, entregando carga entre mundos; convertirse en un pirata o cazarrecompensas, atacando e inhabilitando a los barcos para robar su dinero, carga o los barcos mismos; involucrarse en una de las principales historias; o incluso conquista la galaxia subyugando mundos.
Endless Sky captura la sensación de final abierto de la exploración espacial en 2D como EVN y EV.