Description

VMD es capaz de trabajar con estructuras muy grandes hasta los límites de la memoria disponible. Las versiones de 64 bits de VMD permiten que las trayectorias de simulación de gran tamaño y de larga escala de tiempo se carguen en la memoria física y se adapten a grandes conjuntos de datos volumétricos. La simulación de cápside del VIH de 64 millones de átomos descrita en el número del 30 de mayo de 2013 de Nature es un ejemplo de primera clase de lo que se puede hacer con VMD en una estación de trabajo con gráficos debidamente equipados. El modelo de VIH-1 se preparó para la simulación utilizando las herramientas de construcción de estructuras y las funciones de scripting de VMD se usaron posteriormente para el análisis de la trayectoria. La estructura de todos los átomos de la cápside del VIH-1 que se muestra en la portada de Nature se procesó dentro de VMD utilizando el motor interno de trazado de rayos Tachyon, y luego se compuso con una representación artística de la envoltura viral y el texto de portada de Nature. ...

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