Hay cincuenta y cuatro sistemas estelares en el Universo X, y dentro de cada uno hay numerosas instalaciones. Hay al menos una estación espacial en cada sistema, y van desde fábricas comunes como plantas de energía solar hasta astilleros. Al comerciar con ellos, el jugador obtiene una ganancia, lo que le permite actualizar el X-Perimental Shuttle con nuevas armas, mejores escudos y mayor espacio de carga.
Es posible comerciar dentro de un solo sistema, pero se obtendrán mayores ganancias explorando otros sistemas a través de las puertas de salto. Con el tiempo, el jugador podrá comprar fábricas y, por lo tanto, obtener ingresos mucho mayores.
Aunque cada sistema tiene al menos un planeta, no es posible aterrizar en ninguno de ellos. Las fábricas, estaciones espaciales y otras instalaciones están ubicadas lejos de los planetas y las estrellas.
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X: Beyond the Frontier es más como un juego económico en el que construyes tu propio imperio comercial.