Básicamente Cydia es la mejor aplicación de terceros desarrollada para los dispositivos iOS con jailbreak.
Cydia sólo está disponible con aplicaciones de jailbreak. Si usas Cydia sin jailbreak significa que has instalado aplicaciones falsas en tu dispositivo. Hay muchos tweaks como Cydia que no implican Jailbreaking pero para instalar Cydia real, necesitas hacer jailbreak a tu iPhone.
Apple no permite la instalación de aplicaciones de terceros en sus dispositivos por defecto. Pero puedes hacerlo usando Cydia que generalmente se instala después de hacer jailbreak a tu iPhone. Por lo general, Apple anula tu garantía si llevas tu dispositivo a reparar o algo con Cydia instalado. Por lo tanto, antes de ir al centro de servicio de Apple para reclamar la garantía, simplemente restaura tu dispositivo con iTunes. De esta forma tu dispositivo volverá a su estado original y no habrá forma de descubrir que tu dispositivo ha sido jailbrokeado. Además, crea siempre una copia de seguridad. Así, una vez que tengas tu iPhone de vuelta del centro de servicio puedes reinstalar tus cosas jailbroken.
Pero últimamente Apple ha dejado de firmar las versiones anteriores del sistema operativo, es decir, no se puede utilizar iOS por debajo de 10.2 para hacer un downgrade oficial con iTunes. Apple ha hecho esto para evitar el jailbreaking y han arreglado el bug y las vulnerabilidades responsables del Jailbreaking de los iPhones. Hasta la fecha, la gente ha sido capaz de jailbreak iPhone hasta iOS 10.1.1. Por lo tanto, si quieres hacer jailbreak a tu dispositivo e instalar Cydia, mantente lo más bajo posible en cuanto a la versión de iOS.
Y en términos simples, la respuesta a tu pregunta es Sí, instalar Cydia jailbreakea tu iPhone y anula tu garantía. Pero siempre puedes reclamar tu garantía incluso después de hacer jailbreak a tu dispositivo restaurándolo a la configuración de fábrica o restaurándolo al último firmware.