Ahora estoy usando una tienda alternativa (AppValley), ¿qué pasará si actualizo mi versión de iOS? Qué pasará con la tienda AppValley y las aplicaciones que descargué de ella?

Esto no es una respuesta directa a tu pregunta, sino una advertencia:

Debes tener en cuenta que las aplicaciones que descargas de las tiendas de aplicaciones alternativas no son examinadas como las aplicaciones de la App Store oficial de Apple para garantizar que son seguras, lo que significa que podrías instalar fácilmente malware o spyware en tu dispositivo sin saberlo.

No puedes auditar razonablemente el código fuente de las aplicaciones que instalas desde las tiendas de aplicaciones alternativas, ni todas las bibliotecas necesarias que instalan, lo que significa que estás poniendo código no fiable en tu dispositivo. Por el contrario, el proceso oficial de verificación de aplicaciones de Apple es invasivo y examina el funcionamiento interno de cada aplicación en la App Store oficial de una manera que sólo Apple puede hacer, con el fin de garantizar que no están ocurriendo cosas nefastas.

Esto es por lo que no encontrarás cosas como grabadores de llamadas telefónicas en el dispositivo o muchas otras cosas que violan el sandboxing de aplicaciones y otras medidas de privacidad y seguridad en cualquier lugar que no sean las tiendas de aplicaciones sancionadas por Apple.

El software no fiable y no auditado puede espiarte permitiendo que alguien robe tu identidad y cosas peores. Tu privacidad y seguridad están en riesgo en el momento en que permites que se instale software extraño en tu dispositivo.