Ahora estoy usando una tienda alternativa (AppValley), ¿qué pasará si actualizo mi versión de iOS? Qué pasará con la tienda AppValley y las aplicaciones que descargué de ella?

Esto no es una respuesta directa a tu pregunta, sino una advertencia:

Debes tener en cuenta que las aplicaciones que descargas de las tiendas de aplicaciones alternativas no son examinadas como las aplicaciones de la App Store oficial de Apple para garantizar que son seguras, lo que significa que podrías instalar fácilmente malware o spyware en tu dispositivo sin saberlo.…