Uso los clientes GUI de MySQL sobre todo para la programación de SQL, y a menudo guardo el SQL en archivos. Mis favoritos actuales son:
DBVisualizer
http://www.dbvis.com/
No es gratuito pero ahora lo uso como mi cliente principal en OS X tanto para MySQL como para Vertica. Es una aplicación muy completa. El uso de la pantalla podría ser un poco más eficiente, pero por lo demás es muy difícil encontrar algún defecto en ella. Soporta múltiples conexiones, múltiples archivos SQL. Extremadamente estable y libre de errores. Altamente recomendado.
MySQL Workbench
http://www.mysql.com/products/workbench/
Consistentemente con errores pero lo mantengo cerca. Soporta múltiples conexiones abiertas, cada una con múltiples pestañas del editor SQL que se traducen fácilmente a archivos .sql. El editor SQL tiene un parser y reconoce el contenido de la ventana como un conjunto de sentencias separadas por «;» con errores de sintaxis resaltados.
Sequel Pro
http://www.sequelpro.com/
He estado usando esto un poco y hasta ahora todo bien. Soporta múltiples conexiones abiertas, pero sólo un editor SQL por conexión. Puedes abrir un archivo SQL en el editor, pero entonces no muestra claramente qué archivo tienes abierto, lo cual es molesto. Por lo demás, parece sólido.
Aqua Data Studio
http://www.aquafold.com/aquadatastudio.html
Empecé a evaluarlo hace muy poco y parece bueno. Sin embargo, no es gratuito, y parece tener algunas peculiaridades, por ejemplo, el editor sql requiere que usted separe las sentencias SQL con «/», y el diálogo de abrir/guardar archivos no soporta el cuadro de diálogo nativo de OS X, lo que hace que la navegación sea lenta.
Querious, Navicat, y SQLEditor también valen la pena un vistazo en función de sus necesidades.
(editado para reflejar mi experiencia con DBVis)