EXE es la abreviatura de Executable. Es cualquier tipo de archivo binario que puede ser ejecutado. Todos los programas de Windows son archivos exe. Antes de los archivos MSI, todos los instaladores eran archivos EXE. El instalador de tipo EXE requería muchos archivos excepto el archivo ejecutable de tipo EXE que es un archivo comprimido almacenado dentro de un archivo extractor ejecutable. Este tipo de archivo de trabajo ampliar el archivo a un directorio temporal y luego se frota el instalador EXE que se instalará todos los otros archivos que se extraen.
Un archivo MSI es un instalador de Microsoft. No es un ejecutable, es un archivo de base de datos que contiene registros que contienen información sobre cómo instalar un programa. Esta información puede ser imágenes, valores del registro o archivos sin procesar, por nombrar algunos. Como tal, un MSI no tiene que ser compilado para la plataforma del sistema operativo de destino, sino que (en teoría) podría contener múltiples paquetes que se instalan en función del sistema operativo o la arquitectura de destino.
Por ello, MSI es una solución de instalación mucho mejor. Fue creado por Microsoft específicamente para abordar el hecho de que todo el mundo estaba creando sus propios programas de instalación y con no estándar era un salvaje oeste de instaladores. El MSI unifica todo esto en un paquete estándar que es muy potente, y en su mayor parte libre de derechos. (Ya que la gente no necesita instaladores de terceros)