Hoy en día no hay realmente ninguna diferencia.
Si nos remontamos a hace 30 años, los ordenadores personales tenían un rendimiento bastante bajo: Apple Macintosh, Atari, Amiga, IBM PC. Los ingenieros tenían algo totalmente distinto para hacer sus cálculos: minis como el PDP-11, superminis como un VAX, tal vez un mainframe de IBM y tal vez un gran CDC. Estas máquinas eran mucho más potentes que los (micro) ordenadores personales, pero entonces, tenían CPUs que abarcaban una placa de circuito completa o más.
En algún momento, a principios de los 80, los diseñadores de hardware descubrieron cómo hacer que las CPUs fueran varios factores más rápidas utilizando el procesamiento vectorial. Y esas máquinas, el Cray-1, el Cyber 205, y las más pequeñas, el Alliant FX-8, el Convex C-90 y un montón más, se llamaron supercomputadoras.
Avanza un par de décadas y todas las ideas que entraron en el diseño de las supercomputadoras son ahora parte de tu ordenador personal de todos los días. Por tanto, ya no existe una distinción real entre los ordenadores personales y los superordenadores: un superordenador no es más que un clúster con un gran número de procesadores ordinarios. El prefijo `super' viene de los días en que la computación de alto rendimiento sólo se realizaba en máquinas muy especiales llamadas superordenadores. Esos días ya han pasado. Sólo NEC sigue fabricando procesadores descendientes de los antiguos super, pero incluso ellos los colocan en un clúster.
Básicamente, todo "super" ordenador hoy en día es un clúster. Por supuesto, para ser llamado "súper" es mejor tener un clúster ¡grande! Los que he jugado en los últimos doce años han tenido miles de nodos. Eso es grande, pero ni siquiera es el más grande.