Normalmente significa que el marcador del sistema operativo que indica que el sistema de archivos (FS) se cerró correctamente está en un estado incorrecto. Cuando un sistema operativo monta un FS para su uso, establece el marcador para mostrar que está en uso.
Cuando escribe datos en un archivo, los datos en sí deben ser escritos, pero hay otra información que necesita ser actualizada. Entre ella se encuentra el registro de cuán grande es el archivo y también puede incluir cambios en la información que muestra dónde se están almacenando los datos. Esta información se encuentra en el descriptor del archivo. Muchos sistemas operativos asignan el almacenamiento en bloques de 4 kilobytes conocidos como unidades de asignación (UA), y si un archivo necesita un bloque extra porque ha crecido más allá de un límite de 4 kB, entonces hay que asignar una UA de repuesto al archivo y eliminarla de la lista de UAs de repuesto.
Dado que toda esta información se almacena en diferentes partes del disco, puede llevar poco tiempo actualizar esta información. Si el sistema operativo se detiene o se desconecta una unidad externa antes de que se completen las actualizaciones, entonces la unidad puede estar en un estado inconsistente. Aquí es donde entra el marcador. La próxima vez que se monte el FS se le indica al sistema operativo que no se cerró correctamente y muestra el mensaje.
El mensaje «uno de sus discos necesita ser comprobado para la consistencia» es una advertencia de que un FS puede no ser completamente seguro de usar. Un archivo puede estar marcado como que tiene una cantidad incorrecta de datos en él; las UA de un archivo también pueden seguir registradas como no utilizadas; las UA pueden perderse (no figuran como que están en un archivo pero no figuran como de repuesto); o puede haber otros problemas.
El sistema de archivos NTFS de Windows y los sistemas de archivos EXT3 y EXT4 de Linus incluyen mecanismos de diario para garantizar que el FS se vuelva autoconsistente automáticamente, pero si un archivo se estaba escribiendo cuando el FS dejó de actualizarse, entonces pueden faltar datos de un archivo. En el caso de los discos FAT y FAT32 y los discos Linux EXT2, si no se cierra el FS de forma limpia, no sólo pueden faltar los datos de los archivos que se escribieron, sino que también pueden dañarse o perderse otros archivos del FS. La ejecución de la herramienta de reparación adecuada puede devolver el archivo a un estado consistente, pero no puede recuperar los datos que se han perdido o que no se habían escrito.