Dependiendo de cómo realices el cifrado, sí.
No recomiendo el cifrado de todo el disco porque el cifrado es efectivamente parte del sistema operativo. Eso es conveniente, y puede funcionar muy bien si el usuario es cuidadoso y sabe lo que está haciendo. Pero puede llevar a problemas de bloqueo incluso si los archivos en sí mismos estarían bien. Un error con la encriptación de todo el disco puede literalmente bloquearte todo el disco y todo su contenido.
La encriptación de archivos y carpetas evita esto. Puede ser tan seguro como el cifrado de todo el disco, pero para el sistema operativo, sus archivos cifrados son sólo archivos, nada del otro mundo. Las operaciones de copia de seguridad/restauración/copia/envío/lo que sea funcionan con total normalidad, sin complicaciones ni riesgos adicionales; y tus archivos y carpetas permanecen totalmente encriptados sin importar dónde o cómo se muevan, incluso fuera del disco, como al almacenamiento en la nube; a una unidad de memoria USB; a un nuevo PC; o a un sistema operativo diferente.
Además, los problemas y errores del cifrado de archivos y carpetas suelen limitarse sólo a los archivos y carpetas que se están cifrando o descifrando activamente, no a todo el disco.
Las herramientas de cifrado de archivos y carpetas están ampliamente disponibles. Por ejemplo, la herramienta gratuita y de código abierto 7-Zip puede cifrar sus archivos y carpetas según el estándar AES-256, que actualmente se considera indescifrable.
Combinada con un buen gestor de contraseñas (para generar contraseñas largas y complejas y recordarlas por usted), las herramientas de cifrado de archivos y carpetas como 7-Zip son fáciles de usar y hacen que sus datos estén muy, muy seguros.
(7-Zip también puede comprimir sus archivos, si necesita espacio.)
Así que, sí, cifre. Pero elige con cuidado para no añadir complicaciones innecesarias a tu búsqueda de seguridad.