Debería decantarme por las matemáticas aplicadas o por la informática?

Honestamente creo que la analogía dada en una respuesta sobre la enfermería frente a la odontología es absolutamente inválida para este caso.

Las matemáticas están en el corazón de las Ciencias de la Computación, y algunos incluso consideran las CS como una rama de las Matemáticas. La mayoría de las personas que crearon lenguajes de programación y sistemas operativos son matemáticos o ingenieros. En el caso de los ingenieros, porque tuvieron una buena cantidad de cursos de matemáticas. Gente como Denis Ritchie, Ken Thompson, Brian Kernighan, Bjarne Stroustrup, Guido van Rossum, Rasmus Lerdorf, etc, etc todos ellos estudiaron matemáticas o ingeniería. Algunos combinados con CS pero no la mayoría de ellos.

Volviendo a la pregunta, si sólo quieres trabajar como desarrollador de software, ve por CS. Si quieres profundizar y abarcar más disciplinas, vete por matemáticas aplicadas. Luego puedes hacer cursos de CS si quieres ser desarrollador de software.

Tengo una ingeniería en CS y trabajo como SDEII en Microsoft, estoy considerando hacer un máster en matemáticas aplicadas porque me gustaría en algún momento dejar de programar y hacer algo de machine, learning, AI, investigación o incluso pasarme a otra disciplina.