Descargar un archivo grande es una tarea relativamente sencilla para un PC moderno.
Casi todo el hardware de los PC modernos es eficiente en cuanto a la energía. En «reposo», consume una cantidad de energía de referencia que es muy inferior a la potencia máxima que los componentes podrían utilizar realmente cuando están trabajando bajo alta carga (por ejemplo, en un juego).
Aquí hay un ejemplo: Una CPU Core i7 moderna puede tener una velocidad de reloj anunciada de, digamos, 4,2GHz. Sin embargo, cuando tu ordenador no está haciendo nada extenuante, podría ralentizarse fácilmente a, digamos, 0,9GHz.
Una tarjeta GPU consumirá mucha energía mientras estás jugando activamente, pero mientras estás sentado en el escritorio, se consume muy poca energía y la mayoría de las GPUs incluso apagan sus ventiladores cuando no estás jugando o haciendo otra cosa que utilice su potencia de cálculo.
Mi equipo actual -un Core i7-6700K con una GPU GTX1070- sólo consume unos 50 vatios cuando está sentado en un escritorio sin aplicaciones abiertas. Descargar un archivo consume poco más que en reposo. En consecuencia, el sistema básicamente no genera ningún calor significativo. Los ventiladores de mi GPU permanecen apagados cuando no estoy jugando y el ventilador de la CPU se ralentiza a su velocidad más baja y todo zumba.
TL;DR: Sí, está perfectamente bien dejar un ordenador encendido toda la noche para descargar un archivo. Los ordenadores modernos consumen muy poca energía al realizar una tarea tan sencilla. Incluso un PC más antiguo que no sea tan eficiente energéticamente no se verá perjudicado; sólo puede consumir más energía y generar un poco más de calor.