MuseScore es, de hecho, el programa de notación musical por excelencia (en mi opinión) en el mundo del software libre y de código abierto (FLOSS), y se puede comparar muy favorablemente con Finale (revelación: abandoné este programa, junto con Windows y el mundo de pago por cada actualización hace años). Yo uso MuseScore para todo, desde partituras de piano hasta obras corales completas.
Mi prueba de fuego para el software de notación musical WYSIWYG es su capacidad para anotar con precisión la música de piano de varias voces y sistemas - cuando lo usé, Finale era apenas competente en este sentido (esto fue hace años y varias versiones), mientras que MuseScore (versiones actuales) maneja estos y otros problemas de notación complejos con facilidad.
LilyPond es, en cierto sentido, como TeX/LaTeX, un lenguaje de marcado para representar partituras en texto plano, mientras que MuseScore (como Finale y Sibelius) es más como LibreOffice Write (o incluso MS Word), permitiendo la entrada de notación musical en un modo WYSIWYG.
Lilypond puede formar la base (ser generado por como un formato de almacenamiento de salida) para las herramientas de notación de tipo WYSIWYG (MuseScore puede dar salida a una partitura en Lilypond); lo bueno es que esta salida puede ser editada en su editor de texto favorito, si es necesario (¡pero no cometa errores!). Si realmente quiere dominar sus herramientas, desarrollar un profundo conocimiento y fluidez con Lilypond le llevará a dominar las complejidades de la propia notación musical de alta calidad.
A algunas personas (compositores, músicos) les gusta introducir las partituras directamente en Lilypond, trabajando con su editor de texto; a otros les gustan los híbridos como Frescobaldi, otra herramienta de software FLOSS que toma el camino intermedio entre la edición de texto y la introducción de música WYSIWYG (Lilypond se usa para introducir la música, con una representación estrechamente coordinada de la partitura en un panel de la ventana adyacente); muchos más (probablemente) prefieren la franqueza de MuseScore sin preocuparse por Lilypond.
Lo bueno del mundo FLOSS/Linux (etc.) es que puedes probar los tres de forma gratuita, y luego elegir el que mejor se adapte a tus propias necesidades y estilo -- ¡o usarlos todos, como hago yo! Es una gran diferencia con respecto al mundo de los programas propietarios de pago para Windows, como Finale y Sibelius.
BTW, MuseScore, Frescobaldi y Lilypond están disponibles para Windows y Mac/OS-X, además de para Linux, y también son gratuitos en esas plataformas. Las implicaciones son obvias para el observador casual...