Nunca he intentado usar D3.js (librería de JavaScript) en iOS, pero lo he usado mucho en web, así que intentaré responder a esta pregunta.
Cuando dices iOS, supongo que te refieres a usarlo en una aplicación nativa, en lugar de en un navegador móvil. Las aplicaciones nativas están escritas en Objective-C (¿o Swift?) en lugar de JavaScript, por lo que …