"La unidad D está infectada" - una unidad no puede estar infectada. Sólo puedes tener archivos en la unidad D que estén infectados. Asumiré que esos son cracks, generadores de claves o juegos pre-cracked. Sólo los exe y los dll pueden tener virus, no las imágenes, las películas o la música (a menos que se trate de archivos exe con un icono falso para que parezca una imagen, una película, una canción u otra cosa). La única manera es borrarlos. No tiene sentido limpiar el sistema si se mantienen los archivos infectados. Un programa antivirus lo hará por ti (o lo pondrá en cuarentena, es lo mismo, el archivo desaparece).
Entonces también los archivos del sistema en la unidad C estarán infectados debido a esos archivos de crack que ejecutaste. Una instalación limpia de la unidad C se deshará de ellos.
Si esos no son archivos piratas, entonces es posible que hayas ido a un sitio web xxx (u otro sitio web que fue hackeado) y hayas hecho clic en la ventana emergente falsa "el plugin de flash necesita actualizarse" o "falta el códec" que en realidad era un virus, lo descargaste y lo instalaste. No hay ninguna posibilidad de que haya modificado los archivos del sistema sin tu consentimiento en forma de diálogo UAC, preguntando si estás seguro de querer ejecutarlo.
No he visto un virus en más de 10 años, a no ser que alguien me traiga un ordenador con él, y puede que te sorprenda, pero la mayoría son MacBooks. Piratear contenidos es buscarse problemas pero por lo demás es de sentido común no descargar e instalar nada de fuentes que no sean 100% creíbles. Actualiza todo manualmente desde el sitio original del programa. Invierte un esfuerzo extra para asegurarte de que estás en el sitio original del desarrollador del programa, asegúrate de leer todos los pasos del proceso de instalación y no aceptes instalar nada preinstalado con un programa. Hasta ahora las aplicaciones de la Windows Store son 100% seguras, así que busca todos los programas allí primero. Siempre puedes preguntar en quora u otro sitio web cuál es el mejor y probado programa para x propósito.